Prado zápasí hneď s tromi veľkými problémami naraz - nedostatkom financií, personálu, a priestoru, ktorý si takí majstri ako Velázquez, Goya a El Greco rozhodne zaslúžia. Riešením situácie má byť stavba nového krídla, dokončená do roku 2004, a tiež plány na osamostatnenie tejto štátnej inštitúcie, ktoré, prirodzene, vyvolali vlnu kritiky zo strany kunsthistorikov a politikov.
Podľa slov Miguel Zugaza, 37-ročného ambiciózneho riaditeľa Prada, má neoklasicistická budova múzea so zbierkami z piatich storočí španielskej koloniálnej ríše, problémy, ktoré iné múzeá vyriešili už pred 15 rokmi.
Z 15.000 umeleckých artefaktov dnes Prado vystavuje menej než desatinu, trpí akútnym nedostatkom sprievodcov pre takmer dva milióny turistov, ktorí ročne navštívia priestory galérie. Návštevníci sa sťažujú na zložitú orientáciu v múzeu a na absenciu elektronických sprievodcov, bežných v ostatných veľkých európskych múzeách.
Po získaní nezávislosti od ministerstva kultúry bude môcť Prado samostatne rozhodovať o svojich financiách a politike zamestnanosti. Na zabezpečenie ročného rozpočtu v sume 25 miliónov eúr chce múzeum získavať sponzorov či prenajímať svoje priestory na konferencie a recepcie.
Nová prístavba múzea za 42 miliónov eúr, ktorou sa výstavná plocha dvojnásobne zväčší, si už tiež našla svojich oponentov, najmä kvôli zbúraniu časti arkád z 19. storočia.
Autorom jej architektonického projektu je španielsky architekt Rafael Moneo, ktorý v nových priestorov naprojektoval dve galérie, dielne, archív, múzeum a kaviareň.
Snaha zmodernizovať Prado, aby sa stalo skutočnou turistickou atrakciou, si už vyslúžila dve označenia - popularizácia a na druhej strane prispôsobenie sa 21. storočiu. Podľa zástancov reforiem je hlavným cieľom modernizácie madridského Prada vyvolanie záujmu o umenie aj u priemerného Španiela či turistu. Časy, keď galérie navštevovala spoločenská elita, sú už nenávratne za nami.