V podzemí pod mohutnými stavbami sú uložené telesné pozostatky vysokých cirkevných hodnostárov a členov jednotlivých rádov. Jediná krypta, v ktorej sa ešte pochováva, je podľa znalca trnavského podzemia René Gajdošíka pod Kostolom sv. Anny na Hviezdoslavovej ulici, tesne pod Trojičným námestím.
"Krypta sa nachádza pod celým kostolom, ale vchod do nej je z kláštora. Na pochovávanie členiek rádu uršulínok slúžila do roku 1950," tvrdí Gajdošík. Po návrate majetku rádu sv. Uršule bola krypta pred koncom uplynulého storočia renovovaná a takmer po polstoročí, v roku 1999 sa v nej konal prvý pohreb. Na sviatok Všetkých svätých býva krypta obvykle sprístupnená verejnosti. V tento deň sprístupňujú päťdesiat metrov dlhú dvojchodbovú kryptu aj františkáni pod Kostolom sv. Jakuba. Okrem členov rádu je tam pochovaná aj šľachtičná Zuzana Forgáčová.
Pre verejnosť neprístupná je krypta pod Katedrálou sv. Jána Krstiteľa. "Pred zhruba dvadsiatimi rokmi sa do nej prebúrali vojaci z vedľajších kasární. Vzácne sarkofágy rozpílili a odniesli do zberných surovín. Kosti porozhadzovali, steny postriekali vulgárnymi nápismi," hovorí Gajdošík, ktorý mal možnosť na vlastné oči vidieť výsledok vyčíňania vojakov. Tí za kov dostali údajne necelých sto korún. S odstupom času boli páchatelia zistení a odsúdení. Napriek trestu boli pozlátené olovené sarkofágy rodiny Esterházyovcov nenávratne zničené.
Pod farským Kostolom sv. Mikuláša sa nachádzajú dve krypty. V staršej sú uložené telesné pozostatky viacerých arcibiskupov, vrátane Mikuláša Oláha, zakladateľa seminára. Krypta je od 18. storočia neprístupná, údajne v nej odvtedy nikto nebol. Druhá krypta je mladšia, vznikla v roku 1717. Pochovaní sú v nej kanonici, farári a mešťania. Kryptu zatvorili v roku 1850. "Ja som v nej bol v roku 1987, keď bolo treba poupratovať po nevítaných návštevníkoch. Zlodeji poprevracali truhly, porozhadzovali ich obsah po chodbách. Predpokladám, že išli za zlatom, ale v minulosti cirkev nedovoľovala pochovávať zosnulých s cennosťami," tvrdí Gajdošík, ktorý krypty pod trnavskými kostolmi dôverne pozná.
Krypty sú v "slovenskom Ríme" takmer pod všetkými kostolmi. Ich návštevníci často ani netušia, že pod nohami majú podzemné cintoríny.