očnosti pre ochranu vtáctva na Slovensku a Daphne preto požadujú komplexné environmentálne hodnotenie a analýzu nákladov a výnosov pre celkovú TDS, ale aj pre jednotlivé projekty ešte pred ich schválením za súčasť dopravnej siete. Túto požiadavku zaslali aj ministrovi dopravy, pôšt a telekomunikácií SR Pavlovi Prokopovičovi.
Predstavitelia MVO považujú za znepokojujúcu aj výšku investícií do týchto projektov, ktorá je plánovaná na 220 mld. eur. Ako ďalej informovali, nie je jasné, či sú tieto obrovské investície najlepším spôsobom použitia prostriedkov daňových poplatníkov z krajín Európskej únie (EÚ) a pristupujúcich krajín. Zo sociálneho hľadiska totiž môže návrh vyvolať problémy, keďže požaduje vyčleniť zdroje zo štrukturálnych a kohéznych fondov na projekty predstavujúce skôr európsky, než národný záujem. Najmä v pristupujúcich krajinách by podľa MVO mal mať rozvoj miestnej infraštruktúry prednosť pred potrebami na iných úrovniach.
V oblasti životného prostredia podľa predstaviteľov MVO neboli zhodnotené vplyvy projektov na územia a druhy rastlín a živočíchov vyžadujúcich si ochranu podľa smerníc EÚ. Zaradenie projektov v zozname TDS za projekty "európskeho záujmu" tiež podľa MVO naznačuje, že ustanovenia na ochranu životného prostredia môžu byť anulované, ak bude projekt považovaný za prioritu "európskeho záujmu".
Transeurópska dopravná sieť zahŕňa rozvoj dopravnej infraštruktúry v celej Európe. Cieľom spoločného postupu v tejto oblasti je rozvoj vnútorného trhu, vytvorenie ekonomickej konkurencieschopnosti a rozvoja EÚ. Projekty v rámci TDS majú zároveň viesť k efektívnemu prepojeniu všetkých národných dopravných sietí v únii.